单细胞转录组测序分析实训平台架构研究

创新创业理论研究与实践 ›› 2023, Vol. 6 ›› Issue (19): 113-116.

单细胞转录组测序分析实训平台架构研究

林长松, 邵娇芳, 武剑, 汪强虎

南京医科大学,江苏南京 211166

出版日期:2023-10-10 发布日期:2024-04-15
通讯作者: 汪强虎（1979—）,男,安徽铜陵人,博士研究生,教授,研究方向：肿瘤基因组学,电子邮箱：wangqh@njmu.edu.cn。
作者简介:林长松（1985—）,男,安徽天长人,博士研究生,讲师,研究方向：肿瘤基因组学。
基金资助:
2021年南京医科大学教学改革研究与建设基金资助项目“探究式教学在单细胞转录组测序实验课教学中的实践研究”（2021ZC025）

Research on the Architecture of Single Cell Transcriptome Sequencing Analysis Training Platform

LIN Changsong, SHAO Jiaofang, WU Jian, WANG Qianghu

Nanjing Medical University, Nanjing Jiangsu, 211166, China

Online:2023-10-10 Published:2024-04-15

摘要/Abstract

摘要： 单细胞转录组测序数据分析是一门新兴课程,该实验课中涉及大量的软件和分析方法,学生通过在实践平台中进行重复性训练可以掌握课程的内涵,因此,构建实训化平台显得尤为重要。该文探讨基于容器化技术及多媒体技术的单细胞转录组测序分析实训平台的架构研究,通过docker技术构建平台运行的软件环境。实训化平台由结构化模块组成,在每个模块内配以视频、数据、代码、结果解读等功能单元。该实训化平台增加了学生学习兴趣,降低了学生学习难度,满足了单细胞转录组测序分析课程教学需求,可为该系列课程建设提供参考。

关键词: 单细胞转录组测序, docker技术, 实训化平台, 结构化模块, 多媒体, 数据分析

Abstract: Single cell Transcriptome sequencing data analysis is a new course, the experimental course involves a large number of software and analysis methods, repetitive training in the practice platform can help students grasp the content of the course, so it is particularly important to build a training platform. This paper discusses the architecture research of single cell transcriptome sequencing analysis training platform based on container technology and audio and video technology, and builds the software environment for platform operation through docker technology. The practical training platform consists of structured modules, each equipped with functional units such as video, data, code, and result interpretation. This training platform has increased students'interest in learning, reduced the difficulty of learning, met the teaching needs of singlecell transcriptome sequencing analysis course, and can provide reference for the construction of this series of courses.

Key words: Single cell transcriptome sequencing, Docker technology, Practical training platform, Structured module, Multimedia, Data analysis

中图分类号:

G642

林长松, 邵娇芳, 武剑, 汪强虎. 单细胞转录组测序分析实训平台架构研究[J]. 创新创业理论研究与实践, 2023, 6(19): 113-116.

LIN Changsong, SHAO Jiaofang, WU Jian, WANG Qianghu. Research on the Architecture of Single Cell Transcriptome Sequencing Analysis Training Platform[J]. The Theory and Practice of Innovation and Enntrepreneurship, 2023, 6(19): 113-116.

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